evolution, sci

Быстрые радиации: опыт исследований полевок и леммингов

На первом весеннем семинаре — приглашённый доклад коллег-зоологов из ЗИНа

3 марта (вторник), 17:30, аудитория 140 (3058)

Лаборатория молекулярной систематики ЗИН РАН

Наталья Иосифовна Абрамсон, к.б.н., зав. лаб.
Ольга Васильевна Бондарева, аспирант
Евгений Александрович Генельт-Яновский, к.б.н, н.с.

Быстрые радиации: распутывание сложных филогенетических клубков и поиск следов отбора в геноме. Пример исследований полевок и леммингов.

Вместе с развитием методов высокопроизводительного секвенирования (next generation sequencing, NGS) у исследователей  появилась возможность коренным образом поменять прежний подход, основанный на данных анализа отдельных, немногочисленных локусов и протестировать многие, противоречивые с точки зрения морфологических данных, молекулярные филогении и эволюционные сценарии. Исследования, основанные на полногеномных и транскриптомных данных, позволяют подойти к анализу молекулярных основ формирования адаптаций на различной эволюционной шкале, сравнивая крупные таксоны и таксоны видового уровня (макротаксономический и микротаксономический уровень). Хорошую возможность выяснить механизмы, способствующие видообразованию и дивергенции, дает исследование групп, которые претерпели быстрые радиации в недавнем прошлом. Однако реконструкция филогенетических связей в таких группах с быстрой радиацией представляет собой труднейшую задачу, практически неразрешимую при применении небольшого количества молекулярных маркеров. В то же время надежная реконструкция филогении — необходимое условие и контекст для любого рода эволюционных исследований. Поскольку процессы быстрой радиации повторяются в разных узлах эволюционного дерева, то у исследователей постоянно возникают и огромные трудности с выявлением филогенетических взаимоотношений в этих узлах, так называемых “жестких политомий”.

С развитием высокопроизводительного секвенирования, когда в анализ включаются одновременно тысячи маркеров, возможность разрешения таких политомий и уточнения филогенетических схем становится выполнимой задачей.

Модельная группа, о которой пойдет речь в наших сообщениях — подсемейство полевочьих (Arvicolinae) — очень хороший объект для исследования перечисленных вопросов по целому ряду причин. Это одна из самых молодых, быстро эволюционирующих и многочисленных групп в подотряде мышеобразных грызунов, распространенных во всех ландшафтах умеренной и арктической зон северного полушария. Она великолепно представлена в палеонтологической летописи, что делает возможным калибровку молекулярных деревьев и расчет времен дивергенций и скорости мутаций. Эта группа представляет собой одну из самых быстрых документированных радиаций среди современных млекопитающих и в течении ее эволюционного развития наблюдается, по крайней мере, еще два-три таких “взрывных” этапа быстрой дивергенции (Абрамсон и др., 2009). До настоящего времени, несмотря на ее интенсивное изучение, в том числе и с применением молекулярных методов, неизвестными остаются филогенетические связи в подсемействе на разных уровнях дивергенции. Полевочьи освоили самые разнообразные экологические ниши, а сходные адаптации, в частности, к жизни под землей или высокогорьях, возникали неоднократно в различных филогенетических линиях.

Во время доклада мы представим предварительные результаты анализа филогении полёвочьих с использованием данных секвенирования полных митохондриальных геномов и поиска следов отбора в белок-кодирующих митохондриальных генах.

Семинары проходят в Главном здании СПбГУ: от входа на Менделеевской линии надо подняться на второй этаж, пройти по коридору направо до следующей лестницы и там — на третий. Аудитория будет слева. Для проходя в здание университета нужен паспорт или другой документ; охраннику можно сказать, что Вы идёте на кафедру зоологии беспозвоночных. Перед началом семинара и в перерывах мы угощаем всех чаем и сладостями. Посещение свободное, видеозаписи и трансляций мы не ведем.

Bryozoa, Cnidaria, department, Digenea, evolution, metazoa, Mollusca, phd, phd2, phd3, sci

Неделя семинаров :Р

На следующей неделе каждый вечер на кафедре в аудитории 140 (3058) будут научные мероприятия. Обратите внимание, что начало в 17:00, кроме вторника (17:30). Если коротко:

  • 16, 18 и 20 декабря в 17:00 — лекции Григория Гениховича (Университет Вены) по эволюционной биологии развития. Совместное мероприятие с Биосеминарами, подробнее о миникурсе можно узнать здесь.
  • 17 декабря в 17:30 — доклады аспирантов на семинаре кафедры
  • 19 декабря в 17:00 — предзащита кандидатской диссертации Арсения Лобова

И чуть подробнее, по дням:

16 декабря (понедельник), 17:00 (~3 часа)
Григорий Генихович. Эволюционная биология развития. Лекция 1. Молекулярные механизмы возникновения различий .

17 декабря (вторник), 17:30
— Елена Беликова (3 год). Эволюция мышечной системы морских мшанок (Stenolaemata и Gymnolaemata). Научный руководитель А.Н. Островский.
— Пётр Смирнов (1 год). «Пассивные» мирацидии. Морфология и метаморфоз миниатюризированных личинок. Научный руководитель К.В. Галактионов.

18 декабря (среда), 17:00 (~3 часа)
Григорий Генихович. Эволюционная биология развития. Лекция 2. Механизмы формирования паттерна.

19 декабря (четверг), 17:00
Арсений Лобов. Анализ белков взаимодействия гамет в системе криптических видов моллюсков рода Littorina. Предзащита кандидатской диссертации. Научный руководитель А.Л. Мальцева.

20 декабря (пятница), 17:00 (~3 часа)
Григорий Генихович. Эволюционная биология развития. Лекция 3. 3.1. Проблема гомологии и аналогии. 3.2. Как сделать из немодельного объекта модельный.

Семинары проходят в Главном здании СПбГУ: от входа на Менделеевской линии надо подняться на второй этаж, пройти по коридору направо до следующей лестницы и там — на третий. Аудитория будет слева. Для проходя в здание университета нужен паспорт или другой документ; охраннику можно сказать, что Вы идёте на кафедру зоологии беспозвоночных. Перед началом семинара и в перерывах мы угощаем всех чаем и сладостями. Посещение свободное, видеозаписи и трансляций мы не ведем.

department, evolution, metazoa, Mollusca, phd, phd1, sci

Семинар 19 ноября

На ближайшем семинаре — три доклада, разнообразие жанров и тем!

19 ноября (вторник), 17:30, аудитория 140 (3058)

Елена Беликова, Анна Квач, Владимир Кутюмов.
Рассказ о школе «Evolution of coloniality and modularity» в Бразилии.

А. Л. Мальцева, А. И. Гранович.
Параллельное видообразование: тестирование гипотезы.

Антон Ковалёв (аспирант 1-го года; науч. рук. В.М. Хайтов).
Физиологические различия особей криптических видов р. Mytilus.

Семинары проходят в Главном здании СПбГУ: от входа на Менделеевской линии надо подняться на второй этаж, пройти по коридору направо до следующей лестницы и там — на третий. Аудитория будет слева. Для проходя в здание университета нужен паспорт или другой документ; охраннику можно сказать, что Вы идёте на кафедру зоологии беспозвоночных. Перед началом семинара и в перерывах мы угощаем всех чаем и сладостями. Посещение свободное, видеозаписи и трансляций мы не ведем.

department, metazoa, sci, Tardigrada

А может, всё было наоборот?

29 октября (вторник), 17:30, аудитория 140 (3058)

Туманов Денис Владимирович, к.б.н., ст. преподаватель

А может, всё было наоборот? Молекулярная филогения тихоходок – современное состояние и некоторые неожиданные результаты

Тихоходки – небольшая (около 1200 видов) группа микроскопических сегментированных животных. Далеко зашедшая миниатюризация привела к значительному упрощению их организации . Ограниченный набор морфологических признаков долгое время являлся одной из главных трудностей при построении филогении тихоходок. С появлением молекулярных методов реконструкции филогении удалось выявить родственные связи многих спорных таксонов, а так же проверить ряд филогенетических гипотез, сформулированных в период господства морфологического анализа.
В ходе переописания одного из видов семейства Hypsibiidae были получены новые молекулярно-филогенетические данные, которые выявили весьма неожиданное положение этого вида на филогенетическом древе и подтвердили некоторые гипотетические эволюционные сценарии, значительно отличающиеся от общепринятых в настоящее время представлений об эволюции класса Eutardigrada.

Семинары проходят в Главном здании СПбГУ: от входа на Менделеевской линии надо подняться на второй этаж, пройти по коридору направо до следующей лестницы и там — на третий. Аудитория будет слева. Для проходя в здание университета нужен паспорт или другой документ. Перед началом семинара и в перерывах мы угощаем всех чаем и сладостями. Посещение свободное, видеозаписи и трансляций мы не ведем.

department, protista, sci

Как, почему (и зачем) амёба стала амёбой?

15 октября (вторник), 17:30, аудитория 140 (3058)

Алексей Валерьевич Смирнов, к.б.н., доцент

Рождённые ползать: происхождение и ранняя эволюция  Amoebozoa

Как, почему (и зачем) амёба стала амёбой? Где находится «точка» возникновения Amoebozoa  в эволюционном древе развития 
Unikonta? Для чего сложно организованный двужгутиковый «sulkozoan ancestor» утратил почти всё, что имел, и как это могло произойти? Что на самом деле значит фраза «size matters», и почему изучение  эволюции не ограничивается анализом молекулярной филогении. Как мог выглядеть «the last common ancestor» для этой группы протистов?

Эти и другие вопросы хотелось бы затронуть, рассматривая возможные пути эволюционного становления супергруппы Amoebozoa. Доклад будет основан на материалах комплексного анализа накопленных за последние годы морфологических и молекулярных данных и общей палеонтологической летописи раннего развития  жизни на Земле.

Семинары проходят в Главном здании СПбГУ: от входа на Менделеевской линии надо подняться на второй этаж, пройти по коридору направо до следующей лестницы и там — на третий. Аудитория будет слева. Для проходя в здание университета нужен паспорт или другой документ. Перед началом семинара и в перерывах мы угощаем всех чаем и сладостями. Посещение свободное, видеозаписи и трансляций мы не ведем.

department, Digenea, metazoa, sci, White Sea

Открытие сезона научных семинаров кафедры

1 октября (вторник), 17:30, аудитория 140 (3058)

Дарья Юрьевна Крупенко, к.б.н., ассистент

Трематоды в беломорских сублиторальных сообществах: фауна, жизненные циклы и пути циркуляции

Трематоды — одна из групп паразитических организмов, для которых характерно фантастическое разнообразие жизненных циклов и способов трансмиссии. При этом реконструировано их жизненных циклов совсем немного — не более 5 % от известного числа видов. На семинаре мы расскажем, какие трематоды циркулируют в беломорских сублиторальных сообществах, насколько всё перепутано в их жизненных циклах, как мы собираем эти циклы по кусочкам и находим не всегда то, что ищем, зато обязательно — что-нибудь новое и интересное.

Семинары проходят в Главном здании СПбГУ: от входа на Менделеевской линии надо подняться на второй этаж, пройти по коридору направо до следующей лестницы и там — на третий. Аудитория будет слева. Для проходя в здание университета нужен паспорт или другой документ. Перед началом семинара и в перерывах мы угощаем всех чаем и сладостями. Посещение свободное, видеозаписи и трансляций мы не ведем.